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Documents avec texte intégral

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Références bibliographiques

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Mots-clés

Amine dehydrogenases Virulence factors ANNOTATION HEMIASCOMYCETOUS YEASTS Animal domestication Experimental evolution AcMNPV Agrobacterium tumefaciens Bacterial RNA-seq Gene Ontology DNA Transaminase Escherichia coli Cyanobacteria Allosomes Molecular Sequence Data Adaptation Anatomy Génomique des populations Génomique Adenylation domains Gene expression Abundance distribution Rhizobium Gene Activated sludge Photorhabdus luminescens Amino Acid Sequence Adn génomique Additional Data File Phylogeny Metagenomics ALGORITHMS Biocatalysis Activité anti-microbienne Antifungal prophylaxis Entomopathogenic bacteria ACYRTHOSIPHON Symbiosis Nematode Symbiose 18S rRNA gene DIVERSITY Genomics CTX-M-15 ADAPTATION Anaerobic biodegradation GENOMICS ASEXUAL POPULATIONS Antimicrobial resistance Genome sequence GENES Evolution Analytical chemistry Metabolism Lepidoptera Analyses multivariées 1 Ancestral genome Comparative genomics Environmental genomics Polydnavirus Chlordecone Analyse factorielle des correspondances Analysis toolkit Aminotransferase Transaminase Cysteine sulfinic acid High-throughput screening Enzyme library Colorimetric assay Amino acids Amines Nonribosomal peptide synthetase Analyse génomique ATLANTIC-OCEAN 2 Angiosperm Xenorhabdus Base Sequence APPLICATION Actinorhizal symbioses Aphanomyces Genome Aldolases Virulence Bactérie entomopathogène AVIRULENCE GENES EXPRESSED SEQUENCE TAGS Acid mine drainage Next-generation sequencing MOLECULAR EVOLUTION 16S metagenomics analysis AGROBACTERIUM-TUMEFACIENS Lutte biologique ACL Algorithms Insect Yeast Diversity Transcriptome MAXIMUM-LIKELIHOOD SEQUENCE ALIGNMENT

Bienvenue dans la collection des publications du laboratoire Génomique Métabolique

Présentation des activités

L'UMR 8030 « Génomique Métabolique », explore la biodiversité des organismes par l'analyse de leur génome, participant ainsi de façon significative à l'exploration globale de l'arbre du vivant. Récemment l'apparition de nouvelles technologies de séquençage a donné accès à l'exportation globale de la biodiversité de consortia d'organisme partageant un même biotope. Le déluge de données de séquences de novo s'accompagne aussi d'un accroissement du nombre de gènes dont les fonctions restent totalement inconnues. Le Genoscope et l'UMR ont donc décidé d'étendre l'étude de la biodiversité des génomes à celle des réactions chimiques réalisées par le vivant.

Thèmes de recherche

  • Analyse comparative de génomes eucaryotes/procaryotes (plantes, animaux, protozoaires et bactéries) et de très grands jeux de données métagénomiques et métatranscriptomiques en particulier ceux obtenus dans le cadre du projet TARA OCEANS.

  • Annotation et analyse comparative de génomes procaryotes, prédiction et comparaison de réseaux métaboliques.

  • Etude du métabolisme des procaryotes et de leurs acteurs : les enzymes, pour obtenir une vision globale de la chimie d'une cellule et contribuer au développement d'une chimie plus « eco-compatible ».

  • Identification de nouvelles réactions enzymatiques de bioconversion chez les bactéries en s'appuyant sur des analyses génomiques. Introduction d'étapes biocatalysées dans des processus de chimie de synthèse.

  • Développement de bactéries «châssis» pouvant assimiler des C1 réduits (ex : méthanol) obtenus à partir du C02, implémentation dans ces bactéries «hôtes» de voies synthétiques pour la production de molécules d'intérêt pour l'industrie.

  • Recherche de méthodes biologiques pour dégrader des xénobiotiques, un cas d'étude : la choredecone.

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