Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative

Simon Penel; Christophe Blanchet; Pascal Calvat; Yonny Cardenas; Clément Gauthey; Jean-Yves Nief; Bruno Spataro

HAL : hal-00628955, version 1

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Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Lyon : France (2011)

Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative

Simon Penel¹, Christophe Blanchet², Pascal Calvat³, Yonny Cardenas³, Clément Gauthey², Jean-Yves Nief³, Bruno Spataro¹

CCIN2P3 Collaboration(s)

(19/09/2011)

Large scale phylogenomics and comparative genomics require complex computational methods (parsimony, maximum likelihood, bayesian methods, MCMC, etc.) associated with massively distributed calculation. In this respect, grid computing plays a crucial role. Here we present how we processed exhaustive similarity searches on several millions of sequences with BLAST, using two different grids (TIDRA and GRISBI).

1 :	LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive

2 :	IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]

3 :	CC IN2P3 - Centre de Calcul de l'inst. national de phy. nucléaire et de phy. des particules

Domaine

Informatique/Autre


hal-00628955, version 1
http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00628955
oai:hal.archives-ouvertes.fr:hal-00628955
Contributeur : Pascal Calvat <>
Soumis le : Mardi 4 Octobre 2011, 15:36:14
Dernière modification le : Mercredi 5 Octobre 2011, 10:49:13