HAL : hal-00653022, version 1

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Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Lyon : France (2011)

Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative

Simon Penel1, Christophe Blanchet2, Pascal Calvat3, Yonny Cardenas3, Clement Gauthey2, Jean Yves Nief3, Bruno Spataro1

(19/09/2011)

Large scale phylogenomics and comparative genomics require complex computational methods (parsimony, maximum likelihood, bayesian methods, MCMC, etc.) associated with massively distributed calculation. In this respect, grid computing plays a crucial role. Here we present how we processed exhaustive similarity searches on several millions of sequences with BLAST, using two different grids (TIDRA and GRISBI).

1 :	LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
2 :	IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
3 :	CC IN2P3 - Centre de Calcul de l'inst. national de phy. nucléaire et de phy. des particules

Domaine

:

Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé

Mots Clés : phylogénie:genomique:calcul intensif:blast:hogenom

hal-00653022, version 1

http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653022

oai:hal.archives-ouvertes.fr:hal-00653022

Contributeur : CCSD Sciencesconf.org <>

Déposé pour le compte de : Simon Penel <>

Soumis le : Vendredi 16 Décembre 2011, 17:24:35

Dernière modification le : Lundi 30 Janvier 2012, 09:52:55