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Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Lyon : France (2011)
Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative
Simon Penel1, Christophe Blanchet2, Pascal Calvat3, Yonny Cardenas3, Clement Gauthey2, Jean Yves Nief3, Bruno Spataro1
(19/09/2011)

Large scale phylogenomics and comparative genomics require complex computational methods (parsimony, maximum likelihood, bayesian methods, MCMC, etc.) associated with massively distributed calculation. In this respect, grid computing plays a crucial role. Here we present how we processed exhaustive similarity searches on several millions of sequences with BLAST, using two different grids (TIDRA and GRISBI).
1 :  LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
2 :  IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
3 :  CC IN2P3 - Centre de Calcul de l'inst. national de phy. nucléaire et de phy. des particules
Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé
phylogénie:genomique:calcul intensif:blast:hogenom
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